Có ba phân loài được công nhận rộng rãi và có xu hướng coi chúng là những loài riêng biệt:[8][9]

• Mus musculus castaneus (Nam Á và Đông Nam Á)
• Mus musculus domesticus (Tây Âu, Tây Nam Á, châu Mỹ, châu Phi và châu Đại Dương)
• Mus musculus musculus (Đông Âu và Bắc Á)

Hai phân loài sau đây mới được công nhận:[9]

• Mus musculus bactrianus (Trung Á)
• Mus musculus gentilulus (bán đảo Ả rập; Madagascar)[10]

Một số phân loài khác nay được coi là đồng nghĩa với các phân loài nêu trên. Một số quần thể chuột là con lai giữa các phân loài, như chuột nhà Nhật Bản ("molossinus").[9][11]